科技基金申请书的读者主要有两种类型，第一种是相关资助机构的工作人员，他们的主要职责是审查项目申请书的形式和内容是否符合资助机构的政策要求；第二种，也是科技基金申请书的主要读者，是科学家同行，他们的主要职责是根据科学认识和科学实践的特点，依据科学思维和科研规范的要求，审查项目选题和设计的质量，并根据资助机构的评审标准予以评价。因此，科技申请书在内容上不仅要符合科学思维和科学研究规范的要求，还应该符合资助机构的资助范围。例如，国家自然科学基金的资助范围为基础研究和应用基础研究，因此，如果在选题和设计上主要是有关开发应用研究的项目就不适合申报国家自然科学基金。另外，科技基金申请书还要在撰写的形式上符合资助机构的具体要求，比如在申报的数量、申请人的资格要求、需要提供的证明材料等方面须按要求执行，否则申请书将不予受理。以国家自然科学基金免疫学科2008年度申请项目的情况为例，2008年度免疫学科因为申请书形式不合格而不予受理的项目有31项，大约占当年申请总数的3%。
从以上分析可见，不论项目申请人所从事的具体研究领域和所采用的研究方法有多么不同，影响科技基金申请书质量的主要因素都包括项目选题的质量、项目设计的质量以及申请书撰写的质量。其中，项目选题的质量主要取决于申请人对研究项目的思考深度，取决于申请人的科学思维方式和科学思维能力；项目设计的质量取决于申请人对科学实践的理解，申请人对科学研究方法和科学研究规范的理解和掌握，以及申请人的科研组织和管理水平、综合素质和能力等；申请书撰写的质量主要取决于申请人对资助机构政策的了解、对拟开展的研究项目的总体把握和申请人的学术交流能力。
