通过海洋生物技术各研究项目的全面实施，到2005年在我国沿海地区初步建立起拥有国际先进仪器设备和实验条件的海洋生物技术研究体系，并在海水养殖、天然产物开发和海洋环境保护等主要研究项目方面基本上解决制约本领域发展的一系列重大科技问题，在基础理论上有所贡献，在高新技术发展上有所突破，并初步带动起一批高新技术产业，使本研究领域在国民经济的发展和社会进步中作出重要贡献。其目标为：
在海水养殖生物优质、健康、高产种苗的培育方面
到2005年，在基因工程、细胞工程等高新技术育种研究方面有明显的突破，基本解决转基因海洋生物的定点整合、组织特异性表达和安全养殖问题；建立起完善的虾、贝类四倍体育种技术。培育出3个～5个生长快且抗病力强的鱼、虾、贝类新品种和优质高产海藻新品种。建立鱼、虾、贝、藻的种质库；建立鱼、虾、贝的胚胎细胞系；建立大型海藻单克隆无性繁殖系。在抗盐、耐海水植物品种培育方面，驯化出野生抗高盐、耐海水植物，并使之作物化的品种达8种～10种，通过生物工程育种与传统技术相结合，培育耐海水的农作物品种5种～10种，初步建成盐碱滩涂栽培及海水无土栽培试验基地。
在海水养殖生物病害防治关键技术及健康养殖工程方面
到2005年，完成与海水养殖生物病害的病因、各种病原体致病机理、海水养殖生物自身抗病力有关的应用基础研究，揭示主要病原、养殖生物、环境三者相互作用的关系，为培育抗病品种，建立重要养殖对象病害的预警预报体系，为实现养殖、资源与环境三者的有机协调奠定方法指导，提供技术支撑；开发出实用的海水养殖动物病害快速诊断试剂盒并突破病害综合防治的关键技术。
在海洋天然产物的开发方面
到2005年，有3个～4个创新类海洋药物进入临床应用，6个～8个新的海洋药物完成药学研究进入Ⅱ期临床应用，10种～20种新的海洋保健食品、化妆品、生物工程材料等达到工业化生产水平。其工业产值在2000年的基础上翻两番；海洋天然产物总体研究水平要接近国际先进水平，在某些方面的研究要达到国际领先水平。
在海洋环境保护方面
到2005年，初步建立我国海洋环境生物监测技术及指标体系；初步形成海洋环境生物监测技术研究与应用体系；建立生态监测数据库及数据传输系统。建立一批珍稀海洋生物基因库和人工繁殖发育中心；建立海洋生物多样性信息系统和监测系统。海洋生态环境要大有改善，海洋生物多样性丰度不致下降并有所增加，受保护海岸长度占全国海岸总长度的30%左右；开发和发展一套适合我国国情的海洋及海岸带生态建设与环境保护生物技术体系，部分海区实现以生物技术除油为辅的油防治体系；部分种类污水实现生物辅助治理。
