按照《教育部 财政部关于实施高等学校创新能力提升计划的意见》和《教育部 财政部关于印发高等学校创新能力提升计划实施方案的通知》的要求，教育部、财政部于2013年1月中旬至4月初组织了2012年度协同创新中心的认定工作。经过专家初审、会议答辩、现场考察、综合咨询、社会公示等环节，经“2011计划”领导小组批准，认定14个2012年度协同创新中心（名单附后）。
序号 中 心 名 称 主要协同单位 类别
1 量子物质科学协同创新中心 北京大学、清华大学、中科院物理所等 前沿
2 生物治疗协同创新中心 四川大学、清华大学、中国医学科学院、南开大学等 前沿
3 天津化学化工协同创新中心 天津大学、南开大学等 前沿
4 量子信息与量子科技前沿协同创新中心 中国科技大学、南京大学、中科院上海技物所、中科院半导体所、国防科技大学等 前沿
5 中国南海研究协同创新中心 南京大学、中国南海研究院、海军指挥学院、中国人民大学、四川大学、中国社科院边疆史地中心、中科院地理资源所等 文化
6 司法文明协同创新中心 中国政法大学、吉林大学、武汉大学等 文化
7 宇航科学与技术协同创新中心 哈尔滨工业大学、中航科技集团等 行业
8 先进航空发动机协同创新中心 北京航空航天大学、中航工业集团等 行业
9 有色金属先进结构材料与制造协同创新中心 中南大学、北京航空航天大学、中国铝业公司、中国商飞公司等 行业
10 轨道交通安全协同创新中心 北京交通大学、西南交通大学、中南大学等 行业
11 河南粮食作物协同创新中心 河南农业大学、河南工业大学、河南省农科院等 区域
12 长三角绿色制药协同创新中心 浙江工业大学、浙江大学、上海医药工业研究院、浙江食品药品检验研究院、浙江医学科学院、药物制剂国家工程研究中心等 区域
13 苏州纳米科技协同创新中心 苏州大学、苏州工业园区等 区域
14 江苏先进生物与化学制造协同创新中心 南京工业大学、清华大学、浙江大学、南京邮电大学、中科院过程工程研究所等 区域
