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1.什么样的体系适合做动力学
不是所有的体系都适合做动力学，有的体系跑了分析了快一年才发现原来并不适合做动力学（组里有过这样的先例），轨迹扔了可惜，不扔是垃圾，还占空间，被人骂（组里硬盘空间太少，才几个T）。动力学最重要的是选择体系，这也就是说什么样的体系适合做动力学（或者说适合发文章的）.
以下几类都是比较好作的：
a. ligand induced conformation
b. open-closed mechani
c. binding mechani
d. large-scale mechni
不好做的有（但是作出来会很好）
a. membrane protein
b. ion-channel protein
c. Protein-DNA/RNA interaction
千万不要去尝试（会让你做完欲哭无泪的）
a. homoloy-based MD(especillay <30%)，几乎文章做一个拒一个，除非你自己组里有人给作实验验证
b. independent stable protein，分析不出什么东西，小东西比方说水啊什么的，这个都已经过时了，不要扣细节了
c. Super large-scale MD, 这个我不用说了吧，估计我们作不了的呵呵，别的地方也很难做
d. 不知道自己为什么去作MD，先跑上再说的那种（最危险的一个），没有人指点你会迷失在分析的海洋中。
2.选择什么样的软件做动力学
动力学的软件多如牛毛，选择哪个去做哪？我只谈主流的自己摸过的几个（排名不分先后），Gromacs, amber, charmm, gromose和macromodel。NAMD我没有摸过，不敢评价。
a. Gromacs大家问的最多，我先说。一个字！快。其他的优点还有分析傻瓜，简单易学（我自己带人的话，一个上午之内保证学会，大家不要板砖啊，确实是缺乏内涵，傻瓜的很），可以pull（而且可以想怎么pull就怎么pull，还可以多个pull）。我说说缺点：结果可靠性差，重复性难，高档次分析工具欠缺，分析工具中bug多（仔细看就会知道，结果一看就知道不对），并行通信量大.....。这个软件只适合没有经济能力购买商业软件和需要长时间动力学 (微秒）的同学使用
b. amber和charmm（偷懒了，放在一起），两者差不多，但是前者商业化程度更好，做得比较容易上手；后者还是老样子，脚本复杂，分支狂多，这也和 karplus学生众多有关(孩子多了就是不好管啊)。优点都是结果相对准确，可信度高，具有高档次分析工具。缺点是上手难，跑的慢，理论基础要好，狂占空间（我都被管理员说了无数次了，唉）
c. gromose，拥有和CPMD的无缝接口是最大的优点。什么，不知道CPMD是什么，算我没说，跳过这个软件吧
d. macromodel，商业化最好，拥有能力最强，号称动力学黄金标准的MD软件。一个字，贵。但是人家薛定额做的就是好，结果被各大公司使用频率最高。
e. 其他，还有很多动力学软件，NAMD是比较出名的一个，但是我没有摸过，没有什么特色主要是。更小的大家如果感兴趣，一句话：小玩贻情，大作伤身。
3.应该做什么样的分析
rmsd，rmsf, t, e,dis, angle这些俗套就算了，最重要的是你对你的体系精通，各种实验结果了然于胸，机制脱口欲出。最好掌握一些发展前沿的分析手段
