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gromacs的分析程序很多，不知到各位平时都用到哪些呢？现在遇到的困惑是学会了做MD，但不会深入分析结果。我先说说我自己的,比较常规，抛砖引玉：
g_energy：能量提取和分析
g_dist：研究两个基团之间的距离波动
g_rms：研究某些基团的位置偏离
g_rmsf：计算温度因子，查看哪些残基波动较强
g_rmsf可取平均结构，用-ox参数输出
g_gyrate：分析蛋白质的回旋半径变化
蛋白质的回旋半径反应了蛋白质分子的体积和形状。同一体系的回旋半径越大，说明体系发生了膨胀。
g_gyrate –f md.trr –s md.tpr –o gyrate.xvg
g_sas：分析溶剂的可及表面积（SASA）
它是描述蛋白质疏水性的重要手段，氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用。
g_sas -f md.trr -s md.tpr -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg
do_dssp：分析蛋白质的二级结构变化
group务必选择protein，否则……
do_dssp –s md.tpr –f md.xtc –o ss.xpm
g_dist和g_bond：提取两个原子间距离随时间变化
提取两个原子距离随时间变化，用g_dist和g_bond都可以。
g_dist的index写法是，在里面加入两个group，内容分别是这两个原子序号，运行比如g_dist -f a-sol-md.xtc -s a-sol-md.tpr -n index.ndx，之后会提示选择group，分别选择那两个group就行了，结果输出在dist.xvg，第二列是距离，后面三列是x/y/z的距离。
如果用g_bond，则index里新加入一个group，把两个原子都写进那一个group下。用的时候选这个group就行了，结果和g_dist的第二列的内容一样。
