从2007年浙江省嘉兴市成立国内首个排污权交易平台——排污权储备交易中心开始，我国排污权交易制度作为基于市场机制的新型环境经济政策，日益受到各地的青睐。然而，由于排污权交易在我国实施的时间不长，规范、完善排污权交易制度还有很长的路要走。从我国目前已开展排污权交易的地方经验来看，有以下问题亟待解决。
一是环保部门如何科学、准确、公平和合理地核定企业污染物排放指标。准确监测企业污染物排放量、确定排污指标是排污权交易有序进行的前提。然而，目前我国环境监测能力和管理水平还有待提高，污染源监测体系和监测机制还不完善。虽然现行的企业排污数据种类很多，包括行政审批许可数据(环境影响评价)、排污申报数据、环境统计数据和环保验收数据等，但这些数据也只能代表某个时刻或某段时期内企业的排污情况。而企业生产却是一个动态变化的过程，受人为因素干扰的可能性大。企业污染物排放总量核定问题不能很好地解决，排污权交易制度实施必将受到制约和影响。
二是排污权交易缺乏完善的法律保障体系。排污权交易的实施是一个系统工程，涉及环保、税收、工商等许多职能部门。目前，我国对排污总量控制及排污许可证制度有法律规定，但对排污权交易制度并未做出法律规定。因此，在法律上需明确排污权交易的范围和交易方式。只有建立排污权交易法律体系和保障体系，才能确保企业在排污权交易中享有平等自由、公平竞争的权利。
三是排污权交易中政府如何科学指导市场化运作。由于排污权交易中容量资源会转变为市场化的商品，如果政府部门指导和监管不力，违反市场化准则的企业就可能获得利益，排污权交易市场就会混乱，以最小成本实现环境资源优化配置的目标就难以实现。因此，政府做好排污权初始分配，尽快建立排污权交易系统，完善排污权交易准则等工作就尤为重要。
