虚拟筛选依赖分子模拟技术,从大量的有机化合物中遴选出可能有效的候选化合物,避免了对化合物的盲目筛选,从而大大降低了发现活性先导化合物的成本。虚拟筛选作为计算机辅助药物设计中的一项实用化技术,在当代的创新药物研发中发挥着重要的作用。近些年来,国内外针对一些重大疾病药物靶标均有许多成功使用虚拟筛选的实例。在这些成功的实例中,多种不同类型的小分子化合物数据库(通常包括100,000~1000,000个化合物)被用于虚拟筛选,从中获得了生物活性达到μM甚至nM级别的结构新颖的活性先导化合物。
在此基础上,选择合适的小分子化合物库不仅能极大的提升工作效率同时能节省工作时间、购买费用等。
鉴于多年从事虚拟筛选的经验,总结出一些心得分享给大家。
1.电子数据的获得:
不建议的方案:
1) ZINC库,emolecules库:这两个属于平台服务性质,收集各个化合物库的公司的数据,放在平台上供大家筛选中。
优势:数据量非常全
劣势:很多筛出来的结果买不到实体化合物,且提供的数据更新不及时,或者筛选结果很分散,要去多个化合物库公司分别购买,多掏好几笔国际运费,效率和性价比都不高;
2) Molport,Ambinter:这两个属于国外的贸易公司,如果从这两家公司购买,他们也是分别向原厂订购并加收高额的服务费;
建议的方案:
因为各化合物库供应商的定价政策是:单次购买化合物数量越多价格越便宜。所以直接使用各化合物库公司自己的电子数据并在单次筛选中尽量选用一个公司的分子库最好。这样既可以避免找不到实体化合物的情况,还能降低化合物单价及运费操作费;
有的时候直接去国外工厂要数据比较麻烦,可以让专业的筛选化合物库代理公司免费提供电子数据。国内专业做这方面代理的不多,我知道的只有Topscience 就是陶素在做,大家有自己资源的也可以提下,互通有无嘛.从代理订还有个好处,定货的时候可以和其他客户一起运输,省了一半儿的国际运费,好几百块呢,呵呵。
2.常用化合物库介绍:
1) 筛选化合物库分类:多样性化合物库、上市药物分子库、已知活性库、靶点化合物库,天然产物库,片段库等等;
2) 常用化合物库品牌:Chemdiv、Enamine、Lifechemicals、Specs、Chembridge、Maybridge、Microsource 、Vitas-M、Interbioscreen等;
3) 各品牌化合物的优劣势介绍:
a. ChemDiv:140万库存分子,多样性被认为是商业库中最好的,每年新增20万以上的分子,每年新增的量就和Specs全部的分子数一样多了,而且有很多虚拟筛选的针对各靶点的子库,被大量的高通量筛选的客户选用。到货很快,快的时候1周就可以到货了。
b. Enamine:100万以上,乌克兰的公司,多样性也不错,但价格要高于chemdiv;
c. Lifechemicals:60多万种分子,库存量充足,如部分产品库存不足可很快完成合成及补充工作,进入中国市场较晚,价格中等;
d. SPEC:20多万种分子,价格最便宜,最早进入中国市场,已经被各大研究单位无数次的反复筛选过。近年有些研究单位实验结果显示:没有新的化合物已经有将近10年未更新化合物,溶解性,多样性都相对比较差;
e. Chembridge:有70万种小分子,将化合物分成1,2,3 或4类, 价格都不一样,是依赖于化合物合成的难易来分的。相对价格较贵。
f. Maybridge:只有6万种小分子,杂环化合物比较多,但因为定价最高,选择的人相对较少,同时到货周期也比较慢;
g. Interbioscreen:主要优势在天然产物及其衍生物上。分为常规天然产物,稀有天然产物,常规天然产物衍生物,稀有天然产物衍生物,定价各不一样。但总体上天然产物的价格跟多样性化合物相比肯定是贵些,毕竟得到的难度要更大。
h. 如果想要筛选特色分子已知活性化合物,天然产物,上市药物分子等,可以找国内的代理上索要电子数据;
以上这些都是我个人的一些心得,有感兴趣的话可以联系我。希望能够对同行的兄弟**************************************们有帮助。O(∩_∩)o…