在选择投稿的目标杂志时，有几项考虑是不能被忽略的，这些包括拟投的论文主题是否在此杂志的征稿范围内？此杂志是否常刊载与拟投的论文相类似或相关的主题之论文？此杂志的读者群之学术背景是什么？是否常出现你的同行之论文？你希望什么样的读者来读你的论文或想把论文的结果告诉什么背景的读者？最后但也许是最常被优先考虑的是此杂志刊载的论文是否常被引用？目前在国内教研人员升等资审或计划及奖助审查时常以申请人所发表的论文是否刊在美国科学信息所(The Institute for Scientific Information, 简称 ISI)出版的科学论文引用索引(Science Citation Index, SCI)收录的杂志、该杂志的影响指数 (impact factor, 即杂志于前两年内所刊出之论文在本年内被引用的总篇次和同期间内的论文总篇数之比值)、在同类杂志的排名(rank)、论文引用次数(citation of paper)及作者在论文中的排名，分项归类计分而作为评比的重要指标。此种区隔的机制无形中引导作者们在投稿时以SCI论文发表列名及影响指数高的杂志为取向，然而国内医学科学杂志被 SCI收录者极少，以1997年论，国内发行的学术杂志被SCI收录的只有八种，其中医学科学领域的仅台湾医志(J Formos Med Assoc, 在一般及内科医学类99种期刊中排名为第73，影响指数为 0.261，引用总篇次为534)，促使国内学者投稿于国外知名的杂志，也因此导致国内相关杂志的稿源不足而弱化竞争力，此乃推展国际化和追求卓越性的学术目标时值得深思的问题。有关SCI和影响指数的缘由、意义与关系可参阅洪祖培教授等的专文。
虽然SCI论文发表数据库的指针是目前国际间学者们最常用以评比研究成果的方式，但国内学者对这些 SCI 指标的客观性和可靠性仍见仁见智而未有一致的看法；赞成者相信 SCI 列名与否、排名、影响指数和引用次数可做为杂志和论文素质的重要参考指标，也认知这些指标会受一些因素，如读者多寡和可引用性、作者自我引用和同僚相互引用等的影响；反对者则认为 SCI 所收录的期刊较偏向欧美地区的英文杂志，而国内的杂志常是中文和英文的论文并刊，以致国际流通性不足和编辑因素等而不被SCI选录，并不一定是论文的素质较差。况且，研究的成果只是记录观测的事实，吾人只能评判其真伪而无断其优劣。
辛苦地完成的研究结果在撰写成论文之后该投到那一类型的杂志较好，并无一定的准则，因为杂志种类很多，有的是多领域(综合性)的期刊(multidisciplinary journals)，有的是较为特定领域的专业性杂志(specific journals)，若是可投的杂志很多，一般的考虑是投到最相关领域的杂志。有些作者会以文稿是否易被接受做为决择的因素，这种以出版挂帅的短线操作方式与见解并不足取。较正确的考虑应是揣测同行或有兴趣的读者常会看什么杂志，就把论文优先地考虑投到该杂志。换言之，以寻找读者而非一味地以出版为取向的投稿方式才是较常态的作法，否则论文出版了而杂志流通不广或缺少读者去看，那出版与未出版就毫无轩轾了，因为没读者的论文等于未发表的论文。读者们是否觉得精品适合置于专柜里展售而非摆在地摊上廉售而乏人问津呢？作者要藉论文与读者互通讯息，作者如能同时地考虑SCI论文发表指标和读者何在再做投稿的抉择，则这更是较佳的作法。当然，同行读者较多或较热门的杂志对论文稿的筛选较为严谨，对论文的淘汰率较高。
选定了目标杂志以后，就要详阅该杂志最新的投稿须知，这些须知刊载了杂志的要求，包括打字、编页、文稿组织、表和图的编绘、文献的写法、题目和摘要字数的限制、论文稿的份数及其他的投稿规定。依照这些要求去撰写草稿 (draft)，否则会被退稿或退回修改。
