研究对象
临床医学论文的研究对象主要是患者。在资料与方法中，首先要介绍清楚研究对象的选择标准及剔除标准，资料的来源是前瞻性，还是回顾性，资料来源的时间及地点（即何时何单位收治的患者），数量及分组原则（如是否是随机分组，是否为连续病例），还应介绍清楚患者的年龄、性别、临床分期分型等对研究结果有一定影响的重要的临床特征。
实验医学论文是以动物为实验对象，应说明动物的来源种系、性别、体重、健康情况及分组方法等。临床疗效类研究论文要在材料与方法中说明治疗措施，给药的详细方法，安慰剂和对照的使用等；在实验研究中包括各种实验干预手段、实验环境条件等，诊断试剂和试验**要写明批号及配制方法等；观察实验效果应注明测试样品的采集、检测项目的方法，测试仪器的厂家和系列号、性能、检测数据的统计学处理等。
资料与方法中，还应注意介绍评估判别方法，评估判别的标准，判定正常与不正常的参数界限，参数可以是定性的也可以是定量的，计量单位按国际规范或国家规定的要求使用。确定判别标准后还应介绍统计分析方法。若采用新的复杂的统计方法，则要作一简介并注明参考文献。临床类论文最常涉及到疗效评定标准，一定要注明所采用的标准出自何处，如果是自己制定也一定要写清楚。
研究方法
在叙述方法时，必须准确、具体、真实。如果所采用的方法是前人或他人的，要注明文献出处；如果是对前人或他人的方法进行了一定的改进，则要交代清楚改进之处；如果是自己提出的方法，除涉及保密内容外，要作详细描述，以便他人能重复。
方法的设计及叙述直接关系到论文的科学性。临床研究的病例必然涉及到诊断标准，诸如老年性慢性支气管炎、肝炎等需要根据有关规定或惯用的标准选择病例。临床疗效评价应设立对照组，且需随机分为治疗组和对照组，不得有人为的偏性。疗效判断可分为痊愈、显效、进步、无效四级，而临床有效率仅包括痊愈与显效两项，并不包括进步，否则会造成高疗效的假象。
