申请书设计的格式（撰写提纲）就提供了这样的形式，让申请者能够围绕自己提出的科学问题和新思路，给出清晰、明确、充分、有说服力的论证。科学问题和思路体现申请者的思维、想象力和洞察力，论证则体现申请者的逻辑推断、展开和分析能力。在申请书中这些内容是通过立项依据、研究内容和目标、拟采取的研究方案及可行性分析等的具体叙述来体现的。要想使申请的项目有竞争力，申请者需要下大气力对上述几个方面进行充分、细致的准备。这里需要注意两点：第一，自己确实有想法和好的思路；第二，要善于把自己的想法和思路清晰、准确地表达出来。两者缺一不可。
项目的论证开始于题目。题目不是简单地给项目取个好听或者好看的名字，而是能透过现象看本质，通过凝练而抽象出一个到位的科学问题，使同行能够确切体会到申请项目要解决的问题。例如，从材料科学的角度来看，“镁合金的组织结构与性能研究;就不是一个好题目，再比如，“金属配位氢化物储氢材料中基础科学问题的研究;也不是一个好题目。改善的办法是，首先申请者得清楚自己究竟要研究一个什么样的具体问题。第一个题目太空泛，所以显得空洞、不具体，科学问题不明确。应该围绕实际要研究的内容，给出关于组织结构的特定演化路径对性能产生作用的微观机理。第二个题目的范围就更大了，无法判断所申请的项目具体要解决什么科学问题。再譬如，“金属配位化合物抗癌药物和肿瘤显像药物研究;也不能算理想的题目，如果是“抗癌及显像双功能金属配合物研究;就好一些，更可取的题目是“抗癌及显像双功能金属配合物的结构特性;。这样，同行才能一目了然地知道申请者的研究重点之所在。
