极用药治疗能控制烧心和胃痛等症状的出现，但如果长期用药，也可能带来感染等问题。
目前，临床上治疗胃食管反流病的常用药物是质子泵抑制剂（PPI），如奥美拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑和埃索美拉唑等。此类“拉唑”药物还常被用于治疗幽门螺杆菌感染和消化道出血。
质子泵抑制剂治疗疾病的原理是作用于胃壁细胞上的某种酶，大幅度减少胃酸的分泌，患者因而不会感觉烧心和反酸。但是，长期使用此类药物会增加以下几种不良反应的几率。
腹泻。胃酸可以杀灭胃部的多数病原微生物，是消化道重要的保护屏障。质子泵抑制剂抑制胃酸的分泌，减少了烧心的症状，但也破坏了这个防御机制，造成胃部的细菌繁殖，使胃肠道感染的可能性增加。2012年，美国食品和药品管理局（FDA）曾发出警告，提醒这类药可能增加严重的艰难梭菌感染的风险，引起腹泻、结肠炎等问题。
呼吸道感染。长期用质子泵抑制剂还会削弱呼吸道的非特异性免疫力。此时若患者再出现烧心症状，含有细菌的胃液会反流到咽部，甚至误吸进入呼吸道，肺部感染的风险也会增大。
骨质疏松。长期应用或高剂量使用质子泵抑制剂可增大患者，尤其是老年患者髋骨、腕骨骨折的风险。这类药的强力抑酸作用破坏了胃和十二指肠上段的酸性环境，影响了钙的吸收，可能引起骨质疏松。服用时间越长，剂量越大，骨折风险越高。但是大家也不用太过于担心，目前世界上有记录的因服用这类药导致骨折的案例仅有数百例，相对于其使用人数还是很少的。停止用药后，胃酸得到恢复，感染和骨折的风险也会随之降低。
建议大家不要随意服用质子泵抑制剂，尤其不要长期（1年以上）、大剂量服用。出现烧心、胃痛等症状时，应严格遵医嘱服用药物，尽量采取低剂量、短疗程的治疗方法。
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