| cpuhyy |
2009-04-25 21:16 |
我在运行amber分子力场优化时，出现了LINMIN failure的结果，经查发现是由于体系局部出现能量异常增大的现象。我进行了如下步骤：
在此基础上进行了再次优化，在再次优化的过程中增大了最陡下降法的步骤，使体系能量异常增大的地方能量降低。结果中没有再出现上述错误。实际这个也不是错误，只是系统提示体系中的有局部出现能量异常高的现象，为了保证后面的MD的优化顺利进行，所以需要将该部分能量降低。我在对出现错误提示的优化结果在amber中进行检查时，发现确实有几个残基之间的原子间距离小于范德华半径，范德华能量较高。在我看到的分析这类出错原因的文章中，还有可能就是离子部分静电能量过高。 |
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