方法Methods 部分描述论文实验过程，这一过程的写作相对较为简单，但是需注意的问题不少，重要的在于完整和科学。完整就是实验当中的每一个环节都要注意到，不要顾此失彼，遗漏一些重要内容。Methods部分可按实验对象、实验设备、实验材料、实验记录、实验分析方法等来组织行文。只要能在以下4个方面做到完整和科学的描述，相信写好Methods不是主要问题。
实验对象一般是人、动物或一些组织等，它们的基本信息要描述明确；此外要注意国外刊物大多对牵扯到人或动物的实验都有一些特定要求，有些是不允许在人或动物身上进行的实验操作，这需要认真阅读投稿刊物中关于实验的详细规定；如果违反这一规定，可能会不接受评审或发表。
实验设备，要对仪器型号、生产厂家、实验过程中的用途等作详细说明；实验设备之间的连接要科学正确，不要给人混乱或操作错误的感觉。设备使用时一些必要的步骤不可或缺，尤其是可能对实验结果造成特定影响的操作更要详细说明。这样做的好处是为了在Discussion中能够进行对应的分析。比如，一些设备在使用前要校正(calibration)，有的要求每阶段实验之后都要重新校正，以保证结果的正确性；一定要详细说明你的操作步骤或校正过程，便于评审人分析你的结果。
实验材料，不同学科有不同要求。总体上来说要注意说明材料选择的必要性，也就是对为什么要选择这种材料，最好有一定的说明。如果这点描述不清，可能会导致整个实验过程不成立。
实验过程，就是清楚描述实验的整个操作流程，一般要附以实验流程图进行说明。流程图的画法很多，有文字式的，有文字和示意图结合的，不同实验有不同做法。一般来说，可能后者多一些(实验性学科尤其如此)，因为这样能使评审人对实验过程一目了然。如果示意图画得漂亮，还可以增加一些印象分。描述时要有鲜明的层次感，对每个步骤之间的顺序和关联要描述清楚，不要造成实验过程混乱不堪的印象，因为评审人最终判断你的实验是否合理，是从这个过程描述得来的。
