乳腺癌目前是女性患者癌症死亡的主要原因之一，而转移是患者死亡的主要原因。因此针对此类患者进行有效的治疗策略是十分必要的，这可以降低乳腺癌转移性复发的可能性并改善新生转移性乳腺癌(MBC)患者的预后, 目前越来越多的研究表明多组学分析在临床实践中的整合可以影响MBC的治疗策略。
近来Philippe Aftimos教授及其团队针对乳腺癌基因展开了相关研究，旨在通过对原发肿瘤和早期转移瘤进行多组学分析，研究转移性乳腺癌(MBC)的复发过程。
本实验纳入了381例患者样本 (原发肿瘤和转移对：252个靶向基因测序，152个RNA测序，67个单核苷酸多态性阵列)，收集的样本包括原发肿瘤的FFPE组织、FFPE和转移性活检的新鲜冷冻样本、全血、血浆和血清。检查标准包含IHC后雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、 HER2 TGS等。使用SNP阵列对可用的肿瘤样本分批进行RNA-seq和CNV分析。在转录组分析中，肝脏基因被排除在外。实际上，使用UMAP对样本的活检部位进行可视化显示，肝脏样本聚集在一起，并连续收集的残留FFPE肿瘤样本、冷冻肿瘤样本、血浆和血清样本(每6个月和每次疾病进展时，最长可达10年)分批装运并存储在研究生物库。
研究人员发现了GATA1和MEN1体细胞突变的驱动作用。转移灶富集于ESR1、PTEN、CDH1、PIK3CA和RB1突变、MDM4和MYC扩增和ARID1A删除，ERBB2和RB1等驱动基因的克隆性增加。36%的病例中发生内在亚型的转换。腔内A/B到her2富集的转换与TP53和/或PIK3CA突变相关。在HR+/HER2型癌症中，高的肿瘤突变负担与较短的复发时间相关。51%的患者检测到了ESCAT I/II级改变，7%的患者采用了相应治疗。
该实验通过对381名乳腺癌患者的原发和转移样本进行基因组和转录组分析，并结合前瞻性收集的临床数据，确定了转移和预后生物标志物中富集的基因组改变，这可能对新治疗策略的制定是一个新的出发点。
原始出处：Aftimos P, Oliveira M, et al. Genomic and Transcriptomic yses of Breast Cancer Primaries and Matched Metastases in AURORA, the Breast International Group (BIG) Molecular Screening Initiative. Cancer Discov. 2021 Nov;11(11):2796-2811. doi: 10.1158/2159-8290.CD-20-1647. Epub 2021 Jun 28. PMID: 34183353.
