2010年1月11日，2009年度国家科学技术奖励大会在人民大会堂隆重举行，大会颁布了国家最高科学技术奖、国家技术发明奖、国家科技进步奖等重要奖项。其中，国家自然科学奖28项，与科学仪器紧密相关的有3项，详细如下（标红色字体的为与科学仪器紧密相关的奖项）：
一等奖
序号 编号 项目名称 主要完成人 推荐单位
1 Z-105-1-01 《中国植物志》的编研 钱崇澍（中国科学院植物研究所）
陈焕镛（中国科学院华南植物园）
吴征镒（中国科学院昆明植物研究所）
王文采（中国科学院植物研究所）
李锡文（中国科学院昆明植物研究所）
胡启明（中国科学院华南植物园）
陈艺林（中国科学院植物研究所）
陈心启（中国科学院植物研究所）
崔鸿宾（中国科学院植物研究所）
张宏达（中山大学） 中国科学院
二等奖
序号 编号 项目名称 主要完成人 推荐位
1 Z-101-2-01 湍流热对流的实验研究 夏克青（香港中文大学） 专家推荐
2 Z-101-2-02 非线性偏微分方程的自适应与多尺度计算方法 陈志明（中国科学院数学与系统科学研究院） 中国科学院
3 Z-101-2-03 堆积理论中若干问题的研究 宗传明（北京大学） 专家推荐
4 Z-102-2-01 半导体低维结构光学与输运特性 李树深（中国科学院半导体研究所）
孙宝权（中国科学院半导体研究所）
李新奇（中国科学院半导体研究所）
江德生（中国科学院半导体研究所）
夏建白（中国科学院半导体研究所） 中国科学院
5 Z-102-2-02 太阳磁场结构和演化研究 汪景琇（中国科学院国家天文台） 专家推荐
6 Z-102-2-03 非线性科学在心颤机理及系统生物学中细胞周期控制上的应用研究 欧阳颀（北京大学）
王宏利（北京大学）
周路群（北京大学）
李方廷（北京大学） 北京市
7 Z-102-2-04 过渡族金属氧(硫)化物的电磁行为研究 张裕恒（中国科学技术大学）
孙玉平（中国科学院固体物理研究所）
杨昭荣（中国科学技术大学）
谭舜（中国科学技术大学）
戴建明（中国科学院固体物理研究所） 中国科学院
8 Z-103-2-01 基于组合方法与组装策略的新型手性催化剂研究 丁奎岭（中国科学院上海有机化学研究所）
袁宇（中国科学院上海有机化学研究所）
王兴旺（中国科学院上海有机化学研究所）
龙江（中国科学院上海有机化学研究所）
刘䶮（中国科学院上海有机化学研究所） 上海市
9 Z-103-2-02 若干手性催化合成方法学及其在多肽研究中的应用 王锐（兰州大学）
许兆青（兰州大学）
杨晓武（兰州大学） 甘肃省
10 Z-103-2-03 超支化聚合物的可控制备及自组装 颜德岳（上海交通大学）
周永丰（上海交通大学）
高超（上海交通大学）
朱新远（上海交通大学）
周志平（上海交通大学） 上海市
11 Z-103-2-04 电化学发光及其毛细管电泳联用的分析方法研究 汪尔康（中国科学院长春应用化学研究所）
董绍俊（中国科学院长春应用化学研究所）
杨秀荣（中国科学院长春应用化学研究所）
徐国宝（中国科学院长春应用化学研究所）
由天艳（中国科学院长春应用化学研究所） 中国科学院
12 Z-103-2-05 多相体系的化学反应工程和反应器的基础研究及应用 毛在砂（中国科学院过程工程研究所）
陈家镛（中国科学院过程工程研究所）
杨超（中国科学院过程工程研究所）
王跃发（中国科学院过程工程研究所） 专家推荐
13 Z-104-2-01 大别山－苏鲁大陆深俯冲及其对华北克拉通的影响 叶凯（中国科学院地质与地球物理研究所）
张宏福（中国科学院地质与地球物理研究所）
王清晨（中国科学院地质与地球物理研究所）
杨建军（中国科学院地质与地球物理研究所）
刘景波（中国科学院地质与地球物理研究所） 中国科学院
14 Z-104-2-02 大气颗粒物及其前体物排放与复合污染特征 贺克斌（清华大学）
郝吉明（清华大学）
段凤魁（清华大学）
陈泽强（香港科技大学）
杨复沫（清华大学） 教育部
15 Z-104-2-03 土壤-植物系统典型污染物迁移转化机制与控制原理 朱永官（中国科学院生态环境研究中心）
王子健（中国科学院生态环境研究中心）
张淑贞（中国科学院生态环境研究中心）
王春霞（中国科学院生态环境研究中心）
陈保冬（中国科学院生态环境研究中心） 中国科学院
16 Z-105-2-01 若干重要药用植物的成分研究 谭仁祥（南京大学）
郑荣梁（兰州大学）
贾忠建（兰州大学）
孔令东（南京大学）
郑汉其（香港中文大学） 教育部
17 Z-106-2-01 血压波动性和器官损伤的研究 苏定冯（第二军医大学）缪朝玉（第二军医大学）
沈甫明（第二军医大学）
谢和辉（第二军医大学）
刘建国（第二军医大学） 上海市
18 Z-106-2-02 拓扑异构酶II新型抑制剂沙尔威辛的抗肿瘤分子机制 丁健（中国科学院上海药物研究所）
缪泽鸿（中国科学院上海药物研究所）
蒙凌华（中国科学院上海药物研究所）
张金生（中国科学院上海药物研究所）
卿晨（中国科学院上海药物研究所） 上海市
19 Z-107-2-01 微器件光学及其相关现象的研究 吴颖（华中科技大学）
杨晓雪（华中科技大学） 湖北省
20 Z-107-2-02 盲信号的分离和辨识理论及其应用 谢胜利（华南理工大学）
李远清（华南理工大学）
谭洪舟（中山大学）
谭营（北京大学）
何昭水（华南理工大学） 教育部
21 Z-107-2-03 离散事件动态系统的优化理论与方法 曹希仁（香港科技大学）
赵千川（清华大学）
陈曦（清华大学）
贾庆山（清华大学） 香港特别行政区
22 Z-107-2-04 特征抽取理论与算法研究 杨静宇（南京理工大学）
杨健（南京理工大学）
金忠（南京理工大学）
洪子泉（南京理工大学） 江苏省
23 Z-108-2-01 新概念有机电致发光材料 马於光（吉林大学）
王悦（吉林大学）
沈家骢（吉林大学） 教育部
24 Z-108-2-02 有机高分子发光材料及其在显示器件中的应用 王利祥（中国科学院长春应用化学研究所）
马东阁（中国科学院长春应用化学研究所）
耿延候（中国科学院长春应用化学研究所）
景遐斌（中国科学院长春应用化学研究所）
王佛松（中国科学院长春应用化学研究所） 吉林省
25 Z-109-2-01 红外热辐射光谱特性与传输机理研究 谈和平（哈尔滨工业大学）
刘林华（哈尔滨工业大学）
夏新林（哈尔滨工业大学）
阮立明（哈尔滨工业大学）
余其铮（哈尔滨工业大学） 黑龙江省
26 Z-109-2-02 能源动力系统中能的综合梯级利用和CO2控制原理与方法 金红光（中国科学院工程热物理研究所）
蔡睿贤（中国科学院工程热物理研究所）
林汝谋（中国科学院工程热物理研究所）
张娜（中国科学院工程热物理研究所）
高林（中国科学院工程热物理研究所） 中国科学院
27 Z-109-2-03 复杂防洪调度系统的多目标决策及径流预报理论 程春田（大连理工大学）
李登峰（海军大连舰艇学院）
周国荣（香港理工大学） 辽宁
